Prinsessegårdene, der er en selvejende institution med egne vedtægter og driftsaftale godkendt af Københavns Kommune, har følgende organisation:

• Institutionsbestyrelsen bestående af 4 frit valgte medlemmer & 3 forældrerepræsentanter (forpersonen for hver gårds forældreudvalg). Desuden kan klyngelederen samt den pædagogisk leder fra fra hver gård deltage i institutionbestyrelsens møder uden stemmeret
• Forældrebestyrelsen bestående af 6 forældrerepresentanter (for- & næstforperson for hver gårds forældreudvalg) & 3 medarbejderrepræsentanter (en fra hver gård). Desuden kan klyngelederen, institutionsbestyrelsens forpersonen samt den pædagogiske leder fra fra hver gård deltage i forældrebestyrelsens møder uden stemmeret
• 3 forældreudvalg, en for hver gård hver bestående af 6 forældre & 2 medarbejderrepræsentanter. Desuden kan klyngelederen og institutionsbestyrelsens forpersonen deltage i forældreudvalgsmøderne uden stemmeret

For nuværrende er instututionems bestyrelsen sammensat som følger:

• Forperson Claus Østergaard, medarbejderrepræsentant hos FLSmidth og "prinsesseforældre" i perioden 2000-2006
• Susanne Christensen, forperson for forældreudvalget i Benediktegården
• Henrik Vagner, tidligere direktør for FOBU - De selvejene institutioners administrationforening
• Michael Hansen, værkstedsleder på Statens Museum for Kunst
• Morten Bo Hansen, forperson for forældreudvalget i Margrethegården
• Næstforperson Ming Tang, forperson for forældreudvalget  Anne-Mariegården

Vedtægter og forretningsorden for Institutionsbestyrelsen, Forældrebestyrelsen & Forældreudvalg